一周目流程
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进入游戏，照例先是大木博士给介绍口袋妖怪的世界，然后是创建人物和劲敌，这些大家都非常熟悉了。创建完成后正式开始游戏。
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下楼和妈妈对话，然后出门直奔上面的草丛。在快进入草丛时大木博士出现了，把主角带到了他的研究所，然后让我们从右面桌子上的三个精灵球中选择一个作为初始的怪兽。从左到右依次是：妙蛙种子，杰尼龟，小火龙。主角选完之后，博士的孙子小茂也会紧接着选择一个属性克制主角的怪兽。
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拿完怪兽之后正准备出去，没想到小茂从身后追上来要求对战。也没什么别的招数，一直使用撞击就能结束战斗。战斗之后主角可以回去和妈妈对话回复一下体力，然后往上走到1号道路。
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穿过1号道路来到常磐市，往上的路有个老头挡着过不去，去商店和店员对话，她会叫主角把一个包裹给大木博士。
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于是回到真新镇，将包裹交给大木博士，之后他会给主角5个精灵球和怪兽图鉴。接下来去研究所上面的博士家，小茂的姐姐会给主角城镇地图。
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再次来到常磐市，和刚才挡路的老爷爷对话，他会教主角如何抓怪兽并给了一台教学电视机。这时如果往左走进入22号道路的话会遇见小茂，有一场战斗。去右面的道馆发现没有开门，于是继续往上走进入常磐森林。
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常磐森林里都是虫系的怪兽和训练师，偶尔会遇见皮卡丘。穿过森林后再往上走就到达了尼比市。
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在尼比市挑战岩石系道馆，馆主小刚使用的怪兽为LV12小拳石+LV14大岩蛇，战胜他后会得到TM39岩石封。出道馆往右走，会遇到大木博士的助手给主角跑步鞋，之后移动时按B键就可以跑步前进了，然后来到3号道路。
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穿过3号道路和4号道路，见到了一个PC中心，回复一下然后进入右面的月见山。在月见山里主角会第一次会遇到火箭队，到最深处击败一个NPC后可以在两个化石里选一个，左面的是化石盔，右面是菊石兽。
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出了月见山往右走到达华蓝市，这里自行车店里的自行车是绝对买不起的。先去挑战道馆，馆主小霞使用的怪兽为：LV18海星星，+LV21宝石海星，击败后会得到TM03水之波动。右上角的人家有POLICE挡着进不去，先离开这里吧。
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往上走马上会遇到小茂，击败他后他会给主角语音检测仪，可以查看遇见过的NPC。到24号道路击败5个NPC后可以得到金珠，之后还要再干掉一个火箭队成员。
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一直往右走会见到一个研究所，进去和里面的皮皮对话，然后去调查电脑，跟出现的正辉对话后可以得到枯叶市的船票。
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之后再回到华蓝市，发现刚才挡住门的POLICE已经让开了，进入房间从墙上的洞出去到后院会看见火箭队，击败他后可以得到TM28挖洞。然后从后院一直往下走到5号道路，从中间走的话能进入怪兽饲育屋。走到下面的出口结果被告知禁止通行。从出口右面屋子里的地下通道通过来到6号公路。下一直向下走就能来到枯叶市。
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在枯叶市左上的房间对话可以得到破钓竿，在左下的房间和老爷爷对话能得到自行车票，可以去华蓝市换一辆自行车。道馆被树挡着暂时进不去，先去下面的码头坐船。
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在船上转一圈会遇到一些训练师，也能拿到不少道具。在船长室入口处会遇见小茂，然后在船长室和船长对话后会得到HM01居合斩，叫怪兽习得就可以斩断挡道的小树了。
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下船之后船开走了，用居合斩斩断道馆旁边的树进入道馆挑战。枯叶市的道馆是电系道馆，现在里面的垃圾箱里找到两个开关才能挑战馆主。馆主马志士使用的怪兽为LV21雷电球+LV18皮卡丘+LV24雷丘。胜利后得到TM34电磁波。
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从枯叶市往右走，穿过向右的通道发现路被卡比兽堵住了，所以先进入11号道路上的地鼠洞。
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穿过地鼠洞就来到了2号道路。一直往下走进入通道，如果已经抓到了10种以上的怪兽，和里面的助手NPC对话就能得到HM05闪光。
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再次来到华蓝市，从被盗的人家后院进去往右走，斩断拦路的小树来到9号道路。一直往右走会见到一个PC中心，回复一下然后进入旁边的岩山隧道，进入隧道后使用闪光就能看到周围了。
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穿过岩山隧道后往下走就来到了紫苑镇，进入镇上的幽灵塔，在2楼会遇见小茂，击败他后继续往上走。
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塔里遇到的野生怪兽全都是查不到资料的幽灵，无法攻击也无法捕捉，只能逃跑。直到6层出口处遇见幽灵挡住过不去，只好先出塔。
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一直往左走但是通道里的守卫不让过，于是走房间里的地下通道到达彩虹市。和城市上方大楼里的老奶奶对话会得到茶，把这个给之前遇到的通道警卫的话就可以通过了。
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和下方小屋子里的人说话可以得到代币盒，去游戏厅干掉右上角的火箭队小兵，调查他身后的海报会出现隐藏道路。
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先来到地下4层击败那里的小兵得到电梯钥匙，然后来到2层的电梯处，坐电梯到地下4层。
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击败守门的两个小兵后进屋遇见火箭队的坂木老大，击败他后可以得到观测镜，这样就能看见幽灵塔里的怪兽了。它使用的怪兽为LV25大岩蛇+LV24铁甲犀牛+LV29袋龙。
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然后去挑战这里的道馆，彩虹市的道馆是草属性道馆，馆主莉佳使用的怪兽为LV29大食花+LV29霸王花+LV24蔓藤怪，胜利后得到彩虹徽章和TM19亿万吸收。之后往彩虹市左面走，下面的道路又被卡比兽挡住了，斩断上面的小树往左走，到一个屋子里和小妹妹对话会获得HM02飞天。
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将茶给刚才通道里的的守卫，回到紫苑镇，这下载区幽灵塔就能看到野生的怪兽了。原来之前挡路的是一只嘎啦嘎啦，击败他后上到顶层。
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击败几个火箭队小兵后和老人对话会回到他家，再和他对话就能得到怪兽笛，去之前卡比兽挡道的地方使用就能将它叫醒。
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接下来可以往左走去金黄市，也可以往下走去浅红市，这里选择的是先去金黄市。金黄市有两个道馆，右面的暂时由火箭队挡着不让进，可以先去挑战左面的格斗系道馆。击败馆主后可以从他身后的两只怪手里选择一只，左面的是沙瓦郎，右面是艾比郎。
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进入市中心的希鲁夫公司大楼，先到5楼在最下面得到钥匙卡，然后去3楼开启之前关着的门。
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踩里面的传送地板来到7楼，会遇见小茂来挑战。击败他后和他身边的NPC对话可以得到一只乘龙。
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然后走下面的传送地板到11层，击败那里的坂木老大后和社长对话可以得到大师球。
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出来后发现市里的火箭队都消失了，可以去挑战道馆。超能系馆主娜姿使用的怪兽是LV38勇吉拉+LV37吸盘魔偶+LV38末入蛾+LV43胡地。击败她后可以得到金黄徽章和TM04冥想。之后从紫苑镇往下走，在12号道路上使用怪兽笛叫醒卡比兽，在下面的房子中可以得到超级钓竿。
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之后再经过13,14,15号道路就能到达浅红市，城市的上面是沙湖乐园。这里的道馆是毒系的，道馆里有看不见的墙。馆主阿桔使用的怪兽为LV37瓦斯弹+LV39臭臭泥+LV37瓦斯弹+LV43双弹瓦斯，击败后可以得到浅红徽章和TM06剧毒。
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花500元进入上方的沙湖乐园，这里可以见到一些外面较罕见的怪兽，在乐园最深处和那里屋子里的人对话可以得到HM03冲浪，然后在房子右面可以找到道具假牙。
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出来后和PC右边屋子里的园长对话可以得到HM04怪力，使用怪力推开屋里的大石头能得到一个奇异甜食。这时可以用飞天飞到华蓝市，换一辆自行车从左边走自行车路逛一圈，当然不走也可以。
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接下来有两条路，飞回真新镇从下面用冲浪到红莲岛，或者直接从浅红市下面往左冲浪，穿过双子岛后到达红莲岛。到达后发现这里的道馆门锁住了。
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去岛左下角的研究室可以复活之前得到的怪兽化石，然后进入上面的精灵大宅，可以通过调查石像打开关闭的门，在最深处会得到道馆的钥匙。
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接下来就可以进入道馆挑战了。道馆里的人使用的是火属性怪兽，答题的答案为：是，否，否，否，是，否。馆主夏伯的怪兽是LV42卡蒂狗+LV40小火马+LV42烈焰马+LV47风速狗。击败他后可以得到火焰徽章和TM38大字火。
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从道馆一出来，就会遇见正辉，他会邀请主角去1岛。答应之后坐船来到1岛，和精灵中心里面的工作人员对话后，他会拜托主角去2岛送陨石。同时地图也更新了。
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坐船去2岛，来到右下角的游戏厅，进去后里面的NPC会让主角帮忙去3岛找他的女儿小迷。
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于是再坐船去3岛，往上走就会发现一帮单车党在闹事，击败他们后和上方的小男孩对话得知小迷朝上面的绊桥去了。往上走经过绊桥，来到树果森林。
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在树果森林的最左上角发现小迷，和她对话后野生的素利拍出现了，打倒素利拍救出小迷后回到2岛的游戏厅。再和小迷的爸爸对话，他会收下陨石然后给主角一个月之石。
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再回到1岛，和精灵中心里的正辉对话后他会送主角回红莲岛，之后就可以在枯叶市坐船去123岛了。
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用飞天回到常磐市，发现道馆已经可以进去了，馆主就是火箭队的坂木老大，它使用的怪兽为：LV45铁甲犀牛+LV50铁甲犀牛+LV44尼多后+LV45尼多王+LV42三地鼠，击败后得到绿色徽章和TM26地震，再和他对话他会消失，然后在他脚下用探测仪可以得到竞争背心。
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这下8个徽章都集齐了，可以去挑战精灵联盟了，从常磐市往左走去精灵联盟，但是路上还会遇到小茂，击败他后继续往左走。通过8道检查徽章的大门后来到了冠军之路。
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利用怪力把石头推到机关上开启道路，穿过冠军之路然后就到了精灵联盟的大门。进去回复一下，补充好道具然后去挑战4大天王和冠军吧。
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第一个是冰系天王科拿，使用的怪兽为：LV52白海狮+LV51铁甲贝+LV52呆河马+LV54乘龙+LV54迷唇姐
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接下来是格斗天王希巴，怪兽是：LV51大岩蛇+LV53艾比郎+LV56怪力+LV53沙瓦郎+LV54大岩蛇
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第三个是毒系天王菊子，所用怪兽为：LV54耿鬼+LV54大嘴蝠+LV56阿柏怪+LV53鬼斯通+LV58耿鬼
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最后一个是四天王首领，龙系天王渡，他使用的怪兽为：LV56暴鲤龙+LV54哈克龙+LV54哈克龙+LV60快龙+LV58化石翼龙。战胜他后得知小茂已经先主角一步击败了四大天王，成为了冠军。
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最后一战，对战冠军小茂，他使用的怪兽其中3只为：LV59比雕+LV59铁甲暴龙+LV57胡地。其余3只，如果玩家初始怪兽选择的是小火龙，则为LV63水箭龟+LV61椰树蛋+LV59风速狗。若选择杰尼龟，则为LV63妙蛙花+LV59暴鲤龙+LV61风速狗。若选择的是妙蛙种子，则是LV63喷火龙+LV59椰树蛋+LV61暴鲤龙。
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击败小茂后，大木博士会进来称赞主角一番，然后带主角荣誉殿堂。在记录下通关的队伍后会出现工作人员名单，之后系统会自动保存一次。
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一周目结束
二周目流程
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一周目通关后读取存档就进入二周目，开始地点是自家门前。这时大木博士会跑过来询问图鉴收集情况，要是已捕捉的怪兽达到了60种的话，他就会帮主角升级全国图鉴。如果还没达到的话，先去抓够60种再来找博士吧。
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抓到60种怪兽后去博士的研究所找他升级图鉴。这之后再去精灵联盟，就会被告知冰系天王有事出去了，暂时不能挑战四大天王了。
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从枯叶市坐船来到1岛，和岛上网络中心里的NPC对话，得知新系统的运行还需要一块红宝石。如果在码头桥上向下冲浪的话会到达珍宝海滨，使用探测器能发现不少道具。
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从1岛往右冲浪，踏上光辉之路。往上走会发现一个山洞，进去是灯火温泉，在这里能回复PM状态。和上面的一个老爷爷对话，他会给主角HM06碎岩。
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继续往上走，使用冲浪后到达灯火山。上到山腰后在左面进入山洞，一直往上走，走到顶层后推开石头可以遇见火焰鸟，尽力收服吧。
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下山后在山脚往右走，能看见两个火箭队小兵在把守一个洞穴。击败他们后进入洞穴，在最深处发现红宝石。
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回到网络中心把红宝石给NPC，他会再拜托主角寻找蓝宝石，并且给了主角7岛的船票，同时地图也更新了。之后就可以在7岛间畅行无阻了。
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接下来来到4岛，一进去就能看见小茂，不过他这回没有跟主角开打就离开了。在岛上走走发现，原来冰系天王科拿的家就在这里。
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在科拿家右面使用冲浪进入冰爆洞窟，前面的大瀑布暂时上不去，先进入左面的洞穴。这里的小块冰面踩两下就会掉下去，然后可以用梯子再爬上来。利用这点到右下角拿到HM07攀瀑，这样就可以登上大瀑布了。
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登上瀑布后来到洞穴深处，发现冰系天王和火箭队。帮助科拿击败火箭队小兵后，他们会说出下一个目标5岛的火箭队仓库。
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于是来到5岛，往右走来到空地。击败几个火箭队小兵后看见了火箭队的仓库，但是没有密码进不去。往右面使用冲浪是回忆之塔，不过也没什么特别的剧情。
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从5岛向上冲浪，再往左走有一个小岛。岛上的老爷爷会给主角一个怪兽蛋，当然要队伍里有空位才行。
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继续往右走到头是不归洞穴，里面能捡到一些道具。在最深处遇见一个女孩，和她对战斗后将她送回家。之后再和她说话她会要求看一些PM，满足她的要求的话就会得到道具奖励。
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然后坐船去6岛吧，在PC中心会再次遇见小茂，不过也是只说了几句话就走了。
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从6岛的右面海滩向上冲浪能到达水之小径，旁边能进入标记森林，这里有很多虫系PM。穿过森林的话还可以冲浪到变化洞穴，如果有ecard的话可以在这里抓到火叶版以外的怪兽，但对于大部分玩家来说是没什么用的。
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从6岛的右面往下走能够看见一个山洞，不过门关住了。用居合斩将门打开后进去，按顺序掉入上，左，右，下的洞，发现蓝宝石。可刚拿起来就被尾随的来的NPC抢走了，他留下了一段火箭队仓库的密码后离开了。
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再次来到5岛的火箭队仓库，有了密码这下可以进去了。在仓库右上角找到了之前请蓝宝石的NPC，将他击败后能拿回蓝宝石。
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然后回到1岛，和网络中心里的NPC对话，设备完成。之后游戏便可以和宝石版游戏通信了。
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然后坐船来到7岛，岛的上面有训练师之塔，玩家可以在这里挑战，里面的训练家都极其之强。
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从7岛的桥上一直往下走有个山谷，穿越山谷就能在海上见到横向排列的7个遗迹，不过直接进去的话里面是什么都没有的。途中在山谷中间有个山洞，进入洞里使用怪力，把里面的大石都推到坑里，这样遗迹里就会出现未知图腾。
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这时如果还没抓三神鸟的玩家赶紧去抓吧。闪电鸟在无人发电厂，先用飞空飞到地图最右上角的岩山隧道，然后往上走会发现一个水池，用冲浪沿着水道走就能到无人电厂了，里面能捡到不少道具。走到最深处就会看见闪电鸟。
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急冻鸟在红莲岛右面的双子岛上。先去浅红市，然后用冲浪向左走到达双子岛，进入后先得使用怪力，将大石头推到洞里，最后堵住水道使水流平缓。然后在最深一层使用冲浪就能看见急冻鸟。
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最后，终于到了抓超梦的时候。先来到华蓝市，走过上面的桥后左拐，使用冲浪到达洞口，之前在这里挡着的人已经离开了。这里的怪兽等级比较高，遇敌率也蛮高的，一路上使用碎岩清开道路，最后在最深处见到LV70的超梦。
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至此为止任务都完成的差不多了，这时可以再回精灵联盟可以挑战四大天王，他们的队伍都强化了不少，等级和组队都有所变化，当然小茂的也是。四天王的队伍是冰天王：LV64白海狮+LV66乘龙+LV63铁甲贝+LV63长毛猪+LV66迷唇姐；格斗天王：LV65大钢蛇+LV65大钢蛇+LV65艾比郎+LV65沙瓦郎+LV68怪力；毒天王：LV66耿鬼+LV65梦妖+LV70耿鬼+LV68叉字蝠+LV68阿柏怪；龙天王：LV68暴鲤龙+LV66海马龙+LV70化石翼龙+LV72快龙+LV66快龙。